Phim tiếp nối câu chuyện từ phần một, khi Zartan - kẻ theo phe ác Mãng Xà - đột nhập vào Nhà Trắng và cải trang thành tổng thống. Lần này, đội quân G.I. Joe không những phải chiến đấu với kẻ thù truyền kiếp Cobra mà còn phải đối mặt với những hiểm họa cho sự tồn tại của họ từ phía chính phủ, mà đứng đầu bây giờ là Zartan trong lốt tổng thống. Roadblock cùng với Duke là những “chiến binh” trụ cột của G.I. Joe cùng dẫn dắt biệt đội hoàn thành sứ mệnh. Sự xuất hiện trở lại của Lam Ảnh (Lee Byun Hun), nhân vật tưởng như đã chết trong phần trước, cũng đưa câu chuyện sang ngã rẽ mới.