Phim kể về Ash và những người bạn đi đến một ngôi làng bình dị trên đường đến cuộc thi Pokemon tiếp theo của họ, nơi mà sự hỗn loạn sẽ sớm nổ ra với những lời tiên tri của hai Pokemon Gods và sự xuất hiện của một bí ẩn, dường như Pokemon chết người có tên Darkrai, trong đó có sức mạnh để làm sai lệch không gian và thời gian.