Một nhóm năm tên Genesect đã tấn công và đe dọa cắt đứt nguồn năng lượng điện của thành phố, và biến cố này cũng làm pokemon huyền thoại Mewtwo chú ý. Ash, Pikachu và những người bạn phải có mặt để giải cứu tất cả, và đối mặt với Mewtwo.