Sư tử Alex và các bạn quyết định rời Madagascar trở về New York, nhưng máy bay gặp nạn và họ rơi xuống rừng già châu Phi. Kỳ diệu thay, đó chính là nơi Alex chào đời. Nhưng niềm vui ngắn chẳng tày gang, những bất hòa, âm mưu và tai họa lần lượt diễn ra khiến nhóm bạn rơi vào hoàn cảnh khốn đốn.